クリニックの売却価格相場と方法・税金を徹底解説【医療法人・個人開業医向け】

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クリニックのM&Aや事業承継は、後継者不足や医療制度の変化により近年増加しています。
しかし「いくらで売却できるのか」「どの方法を選ぶべきか」「税金はどのくらいかかるのか」といった疑問を抱く院長先生も多いでしょう。

本記事では、クリニックの売却方法・相場・税金をわかりやすく解説します。個人クリニックと医療法人の違いも踏まえて、スムーズな売却を進めるための基礎知識を整理しました。

この記事の監修者

弁護士法人 梅田パートナーズ法律事務所
代表弁護士 西村 雄大

資格・登録機関	・大阪弁護士会（登録番号 49195） ・中小企業診断士（登録番号 412306） ・認定経営革新等支援機関（認定支援機関ID 107527005106）
所属団体	・大阪中小企業診断士協会 ・日本中小企業診断士協会 ・全国倒産処理弁護士ネットワーク ・大阪青年会議所

クリニックの売却方法

クリニックの売却は、法人格の有無によって選べる手法が異なります。ここでは、個人クリニックと医療法人に分けて代表的な売却方法を紹介します。

個人クリニックの売却方法

個人クリニックでは、主に「事業譲渡」か「居抜き」での売却が行われます。

• 事業譲渡……医療機器・スタッフ雇用契約・患者カルテなど、事業を構成する権利義務をまとめて譲渡する方法です。引き継ぐ範囲は交渉で決定され、契約相手の同意が必要です。
• 居抜き……内装・設備を残したまま譲渡する方法です。廃業時でも設備を資産として売却できるため、事業譲渡よりも手続きが簡易です。

医療法人の売却方法

医療法人の場合は、法人格を維持したまま経営権を移す手法が中心です。

• 持分譲渡……持分あり社団医療法人で用いられ、議決権ごと譲渡できます。
• 役員・社員の交代……持分のない法人でも利用できる方法で、役員を買い手側に入れ替えることで経営権を移します。
• 吸収合併・吸収分割……法人同士を統合し、資産や事業を包括的に承継する方法。規模が大きい法人再編で用いられます。

クリニックの売却価格の相場

売却価格は時価純資産＋営業権（のれん）を基準に決定されます。クリニックの売却価格の相場について詳しく見ていきましょう。

売却価格の算定方法

クリニックの売却価格は、大きく分けて「時価純資産」と「営業権（のれん）」の2つを基準に算定されます。時価純資産とは、資産から負債を差し引いたうえで時価に修正した金額を指します。これに加えて、今後クリニックが生み出す収益力を評価したものが営業権（のれん）であり、一般的には直近の営業利益の3～5年分を目安として計算されることが多いです（年倍法）。

個人クリニックの売却相場

個人クリニックは院長個人の診療スタイルや評判に依存する部分が大きいため、営業権の評価は低めになる傾向があります。そのため、相場としては営業利益の1年分、あるいはそれ以下となるのが一般的です。

ただし、次のような条件が揃えば、相場を超える高値で売却できる可能性があります。例えば、院長が売却後も一定期間診療を継続する場合や、クリニック名が一般的で知名度が高くブランド力を持っている場合です。また、優秀なスタッフの継続雇用が見込めること、さらに立地条件が良く駐車場も完備されているといった利便性の高さも評価を押し上げる要因となります。

医療法人の売却相場

医療法人は組織としての継続性があり、営業権が高く評価されやすい傾向にあります。一般的には営業利益×3～5年分が相場です。

さらに、持分あり社団医療法人は希少性や再売却のしやすさから「プレミアム」が付与される場合があります。ただし、将来的な法改正リスクを考慮して慎重に評価されるケースもあります。

クリニック売却にかかる税金

クリニック売却では、選ぶ手法によって税金の種類や負担が変わります。

個人クリニックの場合

個人クリニックを事業譲渡や居抜きで売却する場合、譲渡によって得られた利益には所得税と住民税が課されます。土地や建物の譲渡については分離課税となり、それ以外の資産は総合課税の対象です。税率は所得税が5%から45%までの累進課税で、住民税は一律10%が目安となっています。

医療法人の場合

医療法人を売却する場合には、手法によって税金の種類や負担が変わります。持分譲渡を行う場合は、譲渡益に対して20.315%の税率で課税されます。役員や社員を交代する方法では、持分の払戻や退職金が発生し、それぞれ配当所得や退職所得として課税対象になります。

また、合併や分割を選択した場合には、一定の適格要件を満たせば非課税とされますが、要件を満たさない場合は法人税（15%～23.2%）が課税される点に注意が必要です。

退職金を利用した節税

売却対価の一部を退職金として受け取れば、勤続年数に応じた控除や課税軽減が可能です。ただし、不相当に高額と判断されると損金算入できず法人税が増えるため、適正額の設定が必要です。

まとめ

クリニックの売却は、「どの方法を選ぶか」「いくらで売れるか」「税金をどう抑えるか」によって大きく結果が変わります。

売却を成功させるには、M&Aに精通した専門家（弁護士・税理士・M&Aアドバイザー）への相談が不可欠です。梅田パートナーズ法律事務所では、クリニックの規模や状況に応じた最適なスキーム選定から契約書作成、税務面でのアドバイスまで一貫してサポートが可能です。